| 1971 | L'orgue français au Grand Siècle | André Isoir | | 3 |
| 1972 | Pièces pour orgue | Louis Marchand; André Isoir | | 1 |
| 1974 | Le livre d'or de l'Orgue Français, Vol. 16 - Noëls français au XVIIIe siècle | André Isoir | | 1 |
| 1976 | Konzerte mit Orgel | Antonio Vivaldi; André Isoir, Orchestre de Chambre Paul Kuentz | | 2 |
| 1977 | L’Orgue français à la Révolution | André Isoir | | 2 |
| 1977 | Le livre d'or de l'Orgue Français, vol. 10 | Nicolas Lebègue, Nicolas de Grigny; André Isoir | | 1 |
| 1977 | Le livre d'or de l'Orgue Français, Vol. 11 / La Messe (II) | Nicolas de Grigny; André Isoir | | 1 |
| 1977 | Le livre d'or de l'Orgue Français, vol. 12 - Les cinq hymnes | Nicolas de Grigny; André Isoir | | 1 |
| 1977 | Le livre d'or de l'Orgue Français, Vol. 14 - Du Mage / D'Andrieu | Pierre du Mage, Jean‐François d'Andrieu; André Isoir | | 1 |
| 1977 | Le livre d'or de l'Orgue Français, Vol. 21 | César Franck; André Isoir | | 1 |
| 1986 | Les quatres toccatas et fugues | Johann Sebastian Bach; André Isoir | | 2 |
| 1986 | Les 4 Toccatas et Fugues | André Isoir & Johann Sebastian Bach | | 1 |
| 1987 | L'Œuvre d'orgue, Volume 2 | César Franck; André Isoir | | 1 |
| 1987 | L'Œuvre d'orgue | César Franck; André Isoir | | 1 |
| 1987 | La dynastie des Couperin | André Isoir | | 1 |
| 1988 | L'oeuvre pour orgue intégrale vol. 7: Les cinq concertos | Johann Sebastian Bach; André Isoir | | 1 |
| 1989 | L'oeuvre pour orgue intégrale vol. 8: Les chorals Schübler, passacaille et fugue | Johann Sebastian Bach; André Isoir | | 1 |
| 1989 | L'orgue Français à la Renaissance | André Isoir | | 1 |
| 1989 | Messe pour orgue | Nicolas de Grigny; André Isoir | | 1 |
| 1993 | L'oeuvre pour orgue et orchestre | Johann Sebastian Bach; André Isoir, Le Parlement de Musique, Martin Gester | | 2 |
| 1997 | Quatre suites pour le Magnificat | Jean-Adam Guilain; André Isoir, Les Demoiselles de Saint-Cyr, Emmanuel Mandrin | | 1 |
| 1997 | Toccata (5ème symphonie) | Charles‐Marie Widor; André Isoir | | 2 |
| 1998 | Clerambault: Les deux suites; Mage: Premier livre d'orgue | Louis‐Nicolas Clérambault, Pierre du Mage; André Isoir | | 1 |
| 2001 | Musiques d'Europe du XIVème siècle à nos jours | André Isoir | | 1 |
| 2003 | Intégrale des Sonates en Trio | Johann Sebastian Bach; André Isoir | | 1 |
| 2004 | L'Art de la fugue, BWV 1080 | Johann Sebastian Bach; Isoir | | 1 |
| 2004 | L’orgue au Second Empire | Lefébure-Wély; André Isoir | | 1 |
| 2005 | Intégrale de l'oeuvre d'orgue | François Couperin; André Isoir | | 1 |
| 2007 | Les 4 Toccatas & Fugues | Johann Sebastian Bach; André Isoir | | 1 |
| 2007 | Alborada – Œuvres pour orgue et duo de guitares | André Isoir, Patrick Guillem, Didier Magne | | 1 |
| 2015 | Transcriptions | Bach/Isoir; Michel Bouvard, François Espinasse | | 1 |
| 2018 | Livre d’Orgue | Nicolas de Grigny; André Isoir | | 1 |
