| 1953 | Schoenberg: 5 Pieces for Orchestra, op. 16 / Bartok: Music for Stringed Instruments, Percussion and Celesta | Schoenberg, Bartok; Chicago Symphony Orchestra, Rafael Kubelik | | 1 |
| 1958 | Symphony no. 5 in E minor ('From the New World') Opus 95 | Dvořák; The Vienna Philharmonic Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1964 | Missa in tempore Belli | Joseph Haydn; Sinfonie-Orchester des Bayerischen Rundfunks, Chor des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1968 | Symphonie Nr. 1 D-dur »Der Titan« | Mahler; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1968 | Symphonie Nr. 4 | Mahler; Elsie Morison, Symphonie-Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1971 | Berg: Violinkonzert / Martinon: Violinkonzert Nr. 2 | Alban Berg, Jean Martinon; Henryk Szeryng, Symphonie-Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelik | | 1 |
| 1971 | Symphonie Nr. 5 / Lieder eines fahrenden Gesellen | Gustav Mahler; Rafael Kubelík, Dietrich Fischer‐Dieskau, Symphonie‐Orchester des Bayerischen Rundfunks | 5 | 1 |
| 1971 | Sinfonietta / Taras Bulba | Leoš Janáček; Symphonie-Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelik | | 2 |
| 1973 | Symphonie no. 9 »Aus der Neuen Welt« | Dvořák; Rafael Kubelik, Berliner Philharmoniker | | 1 |
| 1974 | Concerto for Orchestra | Béla Bartók;Boston Symphony Orchestra,Rafael Kubelík | | 1 |
| 1976 | Symphonie N°5 en ut mineur, opus 67 | Beethoven; Boston Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1977 | Symphonies 1 & 4 | Gustav Mahler; Orchestre Symphonique de la Radio Bavaroise, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1978 | Die Moldau: Vyšehrad / Vltava / Aus Böhmens Hain und Flur / Tábor | Bedrich Smetana; Boston Symphony Orchestra, Rafael Kubelik | | 1 |
| 1982 | Симфония №6 / Четыре песни на слова Ф. Рюккерта | Г. Малер; Рафаэль Кубелик, Дитрих Фишер-Дискау, Карл Бём | | 1 |
| 1983 | Symphony No. 40, K.550 / Symphony No. 41, K.551 (Jupiter) | Mozart; Rafael Kubelík, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks | | 2 |
| 1984 | Má Vlast | Smetana; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1984 | Symphony no. 8 | Gustav Mahler; Orchestre symphonique de la radiodiffusion bavaroise, Rafaël Kubelík | | 1 |
| 1984 | Symphonic Excerpts Featuring Themes From Visconti’s Film ‘Death in Venice’ | Mahler; Rafael Kubelík, Bavarian Radio Symphony Orchestra | | 1 |
| 1985 | Lieder eins fahrenden Gesellen / Kindertotenlider / 4 Rückert-Lieder | Mahler; Dietrich Fischer‐Dieskau, Karl Böhm, Rafael Kubelik | | 1 |
| 1986 | Der Freischütz | Carl Maria von Weber; Hildegard Behrens, Helen Donath, Peter Meven, René Kollo, Raimund Grumbach, Wolfgang Brendel, Kurt Moll, Rolf Boysen, Chor des Bayerischen Rundfunks, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1986 | Slawische Tänze · Slavonic Dances opp. 46 & 72 | Antonín Dvořák; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelik | | 4 |
| 1987 | Klavierkonzerte | Schumann, Grieg; Berliner Philharmoniker, Rafael Kubelík, Géza Anda | | 1 |
| 1987 | Krönungsmesse / Spatzenmesse | Wolfgang Amadeus Mozart; Edith Mathis, Norma Procter, Tatiana Troyanos, Donald Grobe, Horst R. Laubenthal, John Shirley‐Quirk, Kieth Engen, Rafael Kubelík, Bernhard Klee | | 1 |
| 1987 | Ein Sommernachtstraum / Ouvertüren | Felix Mendelssohn Bartholdy, Carl Maria von Weber; Edith Mathis, Ursula Boese, Chor und Symphonie-Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 4 |
| 1987 | Water Music / Music for the Royal Fireworks | Georg Friedrich Händel; Berlin Philharmonic Orchestra, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1988 | Symphony no. 38 “Prague” / Symphony no. 39 | Mozart; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1988 | Symphony no. 35 "Haffner" / Symphony no. 36 "Linz" | Mozart; Bavarian Radio Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | 4 | 2 |
| 1989 | Palestrina | Hans Pfitzner; Nicolai Gedda, Dietrich Fischer‐Dieskau, Bernd Weikl, Karl Ridderbusch, Helen Donath, Brigitte Fassbaender, Hermann Prey, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1989 | Má vlast | Bedřich Smetana; Boston Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 6 |
| 1989 | Symphonie Nr. 9 »Aus der Neuen Welt« / Scherzo capriccioso op. 66 | Antonín Dvořák; Rafael Kubelík | | 3 |
| 1989 | Stabat Mater / Legends | Antonín Dvořák; Mathis, Reynolds, Ochman, Shirley‐Quirk, Rafael Kubelík | | 3 |
| 1990 | Symphonie Nr. 5 | Gustav Mahler; Symphonie-Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1990 | Sinfonie Nr. 5 | Пётр Ильич Чайковский, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1990 | Symphonien g-moll KV 550 / C-dur KV 551 “Jupiter” | Mozart; Rafael Kubelík, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks | | 1 |
| 1991 | Overtüren / Symphonische Dichtungen / Symphonische Variationen | Antonín Dvořák; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1991 | Dvořák: Cello Concerto in B minor, op. 104 / Smetana: The Moldau (Vltava) | Dvořák, Smetana; Pierre Fournier, George Szell, Berlin Philharmonic Orchestra, Rafael Kubelík, Boston Symphony Orchestra | | 1 |
| 1992 | Má Vlast | Smetana; Wiener Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 6 |
| 1992 | Die Meistersinger von Nürnberg | Richard Wagner; Stewart, Janowitz, Kónya, Hemsley, Unger, Crass, Fassbaender, Chor und Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1992 | Symphony no. 1 “Spring” / Symphony no. 2 | Schumann; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1992 | Symphony no. 3 “Rhenish” / Symphony no. 4 / Manfred Overture | Schumann; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1992 | The 4 Symphonies / "Genoveva" & "Manfred" Overtures | Schumann; Berliner Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1993 | Smetana: Richard III / Hakon Jarl / Prager Karneval / Wallensteins Lager / Janáček: Sinfonietta | Smetana, Janáček; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1993 | Symphony no. 3 “Eroica” and “Leonore III” Overture | Beethoven; Berliner Philharmoniker, Rafael Kubelík, Staatskapelle Dresden, Karl Böhm | | 2 |
| 1993 | Asrael, Symphony for Orchestra, op. 27 | Josef Suk; Bavarian Radio Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1993 | Cello Concerto / Symphony no. 8 | Dvořák; Pierre Fournier, Berliner Philharmoniker, George Szell, Rafael Kubelík | | 3 |
| 1993 | Piano Concerto, op. 54 / Frauenliebe und leben, op. 42 | Robert Schumann; Géza Anda, Rafael Kubelík, Brigitte Fassbaender, Irwin Gage | | 1 |
| 1993 | Symphonies no. 38 "Prague" & no. 41 "Jupiter" / Cassation, K. 63 | Mozart; Wiener Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1993 | Sinfonietta / Taras Bulba / Concertino | Janáček; Rudolf Firkušný, Bavarian Radio Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1994 | Symphonie Nr. 2 »Auferstehung« | Gustav Mahler; Edith Mathis, Norma Procter, Chor & Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | 5 | 4 |
| 1994 | Nielsen: Symphony no. 5 / Sibelius: Luonnotar | Nielsen, Sibelius; Danish Radio Symphony Orchestra, Rafael Kubelík, Gwyneth Jones, London Symphony Orchestra, Antal Doráti | | 1 |
| 1994 | Symphonie Nr. 6 | Gustav Mahler; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1995 | Symphonien nos. 8 & 9 »Aus der Neuen Welt« | Antonín Dvořák; Berliner Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 3 |
| 1995 | Serenades for Strings | Tchaikovsky, Dvořák; Berliner Philharmoniker, Herbert von Karajan, English Chamber Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1995 | Die vier Symphonien | Johannes Brahms; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1995 | Mathis der Maler | Paul Hindemith; Dietrich Fischer‐Dieskau, James King, Urszula Koszut, Rose Wagemann, William Cochran, Peter Meven, Chor und Symphonie-Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1996 | Lohengrin | Richard Wagner; James King, Gundula Janowitz, Gwyneth Jones, Thomas Stewart, Karl Ridderbusch, Chor & Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1996 | Orchestral Music: Lohengrin / Tristan und Isolde / Die Meistersinger / Siegfried-Idyll | Richard Wagner; Berliner Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1996 | Má Vlast | Smetana; Chicago Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1996 | Symphony no. 4 "Easter Eve" | Foerster; Czech Philharmonic Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1996 | Mussorgsky: Pictures at an Exhibition / Bartók: Music for Strings, Percussion and Celesta | Мussorgsky, Bartók; Chicago Symphony Chorus, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1997 | Klavierwerke | Leoš Janáček; Rudolf Firkušný, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1997 | Piano Concertos No. 21 & No. 24 | Wolfgang Amadeus Mozart;Sir Clifford Curzon, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1998 | Xerxes | Händel; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík, Wunderlich, Cook, Pöld, Proebstl, Hallstein, Töpper, Kohn | | 1 |
| 1998 | Die lustigen Weiber von Windsor / The merry Wives of Windsor | Otto Nicolai; Karl Ridderbusch, Helen Donath, Wolfgang Brendel, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1998 | Piano Concertos no. 4 in G major & no. 5 in E-flat major | Ludwig van Beethoven; Clifford Curzon, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1998 | Symphonie n° 9 “Ode à la joie” | Beethoven; Rafael Kubelík | | 1 |
| 1999 | De Falla: Nächte in spanischen Gärten / Martinu: Klavierkonzert no. 5 / Tcherepnin: 10 Bagatellen / Weber: Konzertstück | Falla, Martinů, Tcherepnin, Weber; Margrit Weber, Rafael Kubelík, Ferenc Fricsay | | 1 |
| 1999 | Symphonies Nos. 7, 8 & 9 | Beethoven; Rafael Kubelík | | 2 |
| 1999 | Deutsche Grammophon Collection: Symphony no. 2 / Symphony no. 4 | Ludwig van Beethoven; Concertgebouw Orchestra Amsterdam, Israel Philharmonic Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2000 | Concerto for Orchestra / Two Portraits / The Miraculous Mandarin | Béla Bartók; Royal Philharmonic Orchestra, The Philadelphia Orchestra, Rafael Kubelík, Eugene Ormandy | | 1 |
| 2000 | Symphonies 7 & 9 | Dvořák; Wiener Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2000 | Symphonie fantastique / Ouverture »Le Corsaire« | Hector Berlioz; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 2001 | Slavonic Dances, op. 46 & 72 | Antonín Dvořák; Wiener Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2001 | The Otto Klemperer Memorial Concert: Mozart: Masonic Funeral Music / Beethoven: Symphony no. 9 | Mozart, Beethoven; New Philharmonia Chorus and Orchestra, Price, Minton, Hollweg, Bailey, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2002 | Missa Glagolitica / Tagebuch eines Verschollenen | Leoš Janáček; Rafael Kubelík, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks | 5 | 1 |
| 2002 | Symphony No.5 in C sharp minor | Gustav Mahler; Concertgebow Orchestra of Amsteredam, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2003 | Parsifal | Wagner; Chor and Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | 5 | 1 |
| 2003 | Die Meistersinger von Nürnberg | Richard Wagner; Rafael Kubelík, Thomas Stewart, Sándor Kónya, Gundula Janowitz, Thomas Hemsley, Chor und Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks | | 1 |
| 2004 | Gustav Mahler: Symphonie Nr. 1 »Der Titan« / Peter Tschaikowsky: Romeo und Julia | Gustav Mahler, Peter Tschaikowsky; Wiener Philharmoniker, Rafael Kubelik | | 1 |
| 2004 | Brahms: Piano Concerto no. 2 / Grieg: Piano Concerto | Johannes Brahms, Edvard Grieg; Berliner Philharmoniker, Herbert von Karajan, Rafael Kubelík | | 2 |
| 2005 | Rigoletto | Verdi; Renata Scotto, Dietrich Fischer‐Dieskau, Carlo Bergonzi, Coro e Orchestra del Teatro alla Scala, Rafael Kubelík | | 3 |
| 2005 | Oberon | Carl Maria von Weber; Chor des Bayerischen Rundfunks, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 2008 | Symphony no. 1 "Titan" / Sinfonietta | Gustav Mahler, Leoš Janáček; Vienna Philharmonic Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2009 | Symphonie Nr. 8 | Bruckner; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2010 | Klavierkonzerte Nr. 22 & 23 | Mozart; Daniel Barenboim, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 2012 | Symphonies Nos. 35, 40 & 41 | Mozart; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2014 | Legenden / Symphonische Variationen | Antonín Dvořák; English Chamber Orchestra, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2017 | Symphonies No. 2 & 5 | Ludwig van Beethoven; Royal Concertgebouw Orchestra, Boston Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2022 | Rafael Kubelík conducts Haydn, Schoenberg & Tchaikovsky (Live) | John Ogdon, Philharmonia Orchestra & Rafael Kubelík | | 1 |
| — | Symphonien 5 & 7 | Beethoven; Boston Symphony Orchestra, Wiener Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 1 |
| — | Symphony no. 5 in E minor “New World” | Antonín Dvořák; Rafael Kubelík, Chicago Symphony Orchestra | | 1 |
