| 1993 | Das gesamte Orgelwerk, Volume III | Théodore Dubois; Hans-Dieter Karras | | 1 |
| 2000 | Triumphal Music for Organ & Orchestra: Saint-Saëns - Guilmant - Dubois | Camille Saint‐Saëns, Alexandre Guilmant, Théodore Dubois, Charles Gounod; Franz Hauk, The Ingolstadt Philharmonic, Alfredo Ibarra | | 1 |
| 2002 | Great European Organs, No. 65: Charles Matthews Plays the Cavaille-Coll Organ of La Madeleine, Paris | Daniel-Lesur, Jolivet, Langlais, Barraine, Milhaud, Dubois; Charles Matthews | | 1 |
| 2005 | The Seven Last Words of Christ | Théodore Dubois; Exultate | | 1 |
| 2005 | King of Instruments: The Art of Gillian Weir, Vol. 5 | Camilleri, Widor, Vierne, Daquin, Dupré, Tomkins, Sweelinck, Dubois; Gillian Weir | | 1 |
| 2006 | Trios avec Piano | Dubois; Trio Hochelaga | | 1 |
| 2007 | Quatuor et Quintette avec Piano | Dubois; Trio Hochelaga, Jean-Luc Plourde, Philippe Magnan | | 1 |
| 2009 | Trahisons / Betrayals | Strauss, Wagner, Dubois, Champagne; Orchestre de la Francophonie Canadienne, Jean‐Philippe Tremblay | | 1 |
| 2010 | Messe Solennelle de Saint Remi / Messe de la Delivrance | Théodore Dubois; Michel Brousseau, Maria Knapik, Marc Boucher, Jean-Willy Kunz | | 1 |
| 2011 | Fantasie-Stück pour violoncelle et orchestre / Suite concertante pour violoncelle, piano et orchestre /Concerto capriccioso pour piano et orchestre / In memoriam mortuorum / Andante cantabile pour violoncelle et orchestre | Théodore Dubois; Jean-François Heisser, Marc Coppey, Orchestre Poitou-Charentes | | 1 |
| 2012 | Le Paradis perdu | Théodore Dubois; Les Cris de Paris, Les Solistes des Siècles, Geoffroy Jourdain | | 1 |
| 2012 | Concerto pour piano N° 2 / Ouverture de Frithiof / Dixtuor | Dubois; Les Siècles, François-Xavier Roth, Vanessa Wagner | | 1 |
| 2013 | The Romantic Piano Concerto, Volume 60: Concerto-capriccioso / Concerto no. 2 / Suite for Piano & String Orchestra | Dubois; BBC Scottish Symphony Orchestra, Andrew Manze, Cédric Tiberghien | | 2 |
| 2015 | Portraits, Volume 2: Théodore Dubois: Musique sacrée et symphonique / Musique de chambre | Théodore Dubois | | 1 |
| 2018 | Violin Concerto / Violin Sonata / Ballad | Théodore Dubois; Ingolf Turban, Deutsche Radio Philharmonie, Raoul Grüneis | | 1 |
| 2020 | Piano Quartet & Piano Quintet | Théodore Dubois; Oliver Triendl, Nina Karmon, Jacob Spahn, Stefan Schilli, Anja Kreynacke | | 1 |
| 2021 | Chamber Music | Théodore Dubois; Lajos Lencsés, Gustavo Surgik, Lajos Lencsés, Carole Dubois, Antal Váradi, Renie Yamahata, Quatuor Parisii, Budapest Strings | | 1 |
