| 2004 | Le Berger Fidèle, Thétis & pièces en concerts | Jean‐Philippe Rameau; Karine Deshayes, Alain Buet, Benjamin Lazar, Les Musiciens de Monsieur Croche | | 1 |
| 2012 | Fauré: Pelléas et Mélisande, Élégie & Mélodies / Wagner: Siegfried-Idyll | Fauré, Wagner; Karine Deshayes, François Salque, Orchestre de l’Opéra de Rouen Haute Normandie, Oswald Sallaberger | | 1 |
| 2012 | Boléro, La Valse, Shéhérazade… | Ravel; Orchestre Philharmonique du Luxembourg, Emmanuel Krivine, Karine Deshayes | | 1 |
| 2014 | Dies Irae / Une Journée / Psaume 132 | Martial Caillebotte; Michel Piquemal, Karine Deshayes, Clémentine Margaine, Philippe Do, Chœur régional Vittoria d'Île-de-France, Orchestre Pasdeloup | | 1 |
| 2015 | Après un rêve | Karine Deshayes, Ensemble Contraste | | 2 |
| 2015 | Herculanum | Félicien David; Véronique Gens, Karine Deshayes, Edgaras Montvidas, Nicolas Courjal, Flemish Radio Choir, Brussels Philharmonic, Hervé Niquet | | 1 |
| 2015 | Uthal | Étienne-Nicolas Méhul; Karine Deshayes, Yann Beuron, Jean-Sébastien Bou, Sébastien Droy, Philippe-Nicolas Martin, Les Talens Lyriques, Chœur de Chambre de Namur, Christophe Rousset | | 1 |
| 2018 | Complete Works for String Quartet, Vol. 1 | Henri Marteau; Isasi Quartet, Karine Deshayes | | 1 |
| 2018 | Gounod: Saint François d’Assise / Liszt: Légende de Sainte Cécile | Gounod; Liszt; Orchestre de chambre de Paris, Accentus, Laurence Equilbey, Stanislas de Barbeyrac, Florian Sempey, Karine Deshayes | | 1 |
| 2019 | L’Opéra des Opéras | Karine Deshayes, Katherine Watson, Reinoud Van Mechelen, Le Concert Spirituel, Hervé Niquet | | 1 |
| 2019 | Offenbach: Fables de la Fontaine | Offenbach; Karine Deshayes, Orchestre de l’Opéra de Rouen Normandie, Jean-Pierre Haeck | | 2 |
| 2020 | Alexandre Dumas et la musique | Karine Deshayes, Marie-Laure Garnier, Kaëlig Boché, Raphaël Jouan, Alphonse Cemin | | 2 |
| 2021 | Sisters - Complete Piano Works | Lili Boulanger, Nadia Boulanger; Johan Farjot, Karine Deshayes | | 1 |
| 2022 | Une prière | Karine Deshayes, Pierre Génisson, Deborah Nemtanu, Sarah Nemtanu, Ensemble Contraste, Johan Farjot, Antoine Pierlot, Arnaud Thorette | | 1 |
| 2022 | Complete Works for String Quartet, Vol. 3 | Henri Marteau; Isasi Quartet, Karine Deshayes | | 1 |
| 2023 | Thésée | Jean‐Baptiste Lully; Les Talens Lyriques, Christophe Rousset, Mathias Vidal, Karine Deshayes, Déborah Cachet, Marie Lys, Bénédicte Tauran, Thaïs Raï-Westphal, Robert Getchell, Fabien Hyon, Philippe Estèphe, Guilhem Worms & Chœur de Chambre de Namur | | 2 |
| 2023 | Exsultate, jubilate! | Mozart; Karine Deshayes, Les Paladins, Jérôme Corréas | | 1 |
| 2024 | Fausto | Louise Bertin; Karine Deshayes, Karina Gauvin, Ante Jerkunica, Nico Darmanin, Marie Gautrot, Diana Axentii, Thibault de Damas, Les Talens Lyriques, Flemish Radio Choir, Christophe Rousset | | 1 |
