| 1973 | The Sound of the Italian Harpsichord | Bach, Froberger, Pescetti, Scarlatti, Zipoli; Martha Goldstein | | 1 |
| 1991 | Sonate d'intavolatura per organo (organ: Sergio Vartolo) | Domenico Zipoli | | 1 |
| 1992 | Les Chemins du Baroque, volume 4: Vêpres de San Ignacio | Domenico Zipoli; Coro de Niños Cantores de Córdoba, Ensemble Elyma & Gabriel Garrido | | 1 |
| 1994 | Les Chemins du Baroque, Vol. 7: Zipoli l'Européen | Domenico Zipoli; Solistes D'Elyma, Dominique Ferran | | 1 |
| 1995 | Sonate d’intavolatura per cimbalo | Domenico Zipoli; Sergio Vartolo | | 1 |
| 1996 | Les chemins du Baroque, vol. 6 : Zipoli l'Américain | Domenico Zipoli; Coro de Niños Cantores de Córdoba, Affetti Musicali Buenos Aires, Ensemble Elyma & Gabriel Garrido | | 1 |
| 1997 | Sacred Music of the Missions | Domenico Zipoli; Cantoria of the Basilica of Our Lady of Perpetual Help, Jesus Gabriel Segade | | 1 |
| 2003 | New World Symphonies: Baroque Music from Latin America | Araujo, Fernandes, Franco, Lobo, Padilla, Zéspedes, Zipoli; Ex Cathedra, Jeffrey Skidmore | 3 | 2 |
| 2004 | Cantate e Sonate | Domenico Zipoli; Elena Cecchi‐Fedi, Luigi Cozzolino, Alfonso Fedi, Bettina Hoffmann, Gian Luca Lastraioli | | 1 |
| 2004 | Sonate d'Intavolatura per Organo e Cimbalo (1716), Band II | Domenico Zipoli; Susan Alexander-Max | | 1 |
| 2015 | Complete Suites & Partitas | Domenico Zipoli; Giovanni Nesi | | 2 |
| 2016 | Complete Keyboard Music | Zipoli; Carlo Guandalino, Laura Farabollini | | 2 |
| 2020 | Zipoli in Diamantina: Complete Organ Works | Zipoli; Marco Brescia | | 1 |
| 2022 | Complete Organ Works | Domenico Zipoli; Simone Stella | | 1 |
| 2023 | Michael Korstick plays Alberto Ginastera | Alberto Ginastera, Domenico Zipoli; Michael Korstick | | 1 |
| 2024 | Italian Baroque Trumpet Concertos | Antonio Vivaldi, Andrea Grossi, Domenico Zipoli, Arcangelo Corelli, Domenico Natale Sarro, Tomaso Albinoni, Pietro Baldassare, Giuseppe Torelli; Thomas Reiner, Interpreti Veneziani | | 1 |
| — | Compositeur des Indiens | Domenico Zipoli | | 1 |
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