| 1992 | Mass in B minor, BWV 232 | Johann Sebastian Bach; Friederike Wagner, Faridah Schäfer-Subrata, Martina Koppelstetter, Markus Schäfer, Hartmut Elbert, Slovak Philharmonic Choir, Capella Istropolitana, Christian Brembeck | | 1 |
| 1992 | Acis und Galatea | Handel/Mozart; Barbara Bonney, Jamie MacDougall, Markus Schäfer, John Tomlinson, The English Concert & Choir, Trevor Pinnock | | 2 |
| 1992 | Matthäus-Passion (version Leipzig 1841) | Bach, Mendelssohn Bartholdy; Jochens, Lika, Kazimierczuk, Browner, Schäfer, Selig, Chorus Musicus, Das Neue Orchester, Christoph Spering | | 1 |
| 1994 | Messe h-Moll, BWV 232 | Johann Sebastian Bach; Christine Schäfer, Ingeborg Danz, Markus Schäfer, Thomas Quasthoff, Windsbacher Knabenchor, Deutsche Kammerakademie Neuss, Karl-Friedrich Beringer | | 2 |
| 1997 | Don Giovanni | W.A. Mozart; Werner Van Mechelen, Huub Claenssens, Elena Vink, Markus Schäfer, Nancy Argenta, Nanco de Vries, Christina Högman, Harry van der Kamp, Collegium Compostellanum, La Petite Bande, Sigiswald Kuijken | | 1 |
| 2000 | Matthäus-Passion BWV 244 | Johann Sebastian Bach; Christoph Prégardien, Matthias Goerne, Christine Schäfer, Dorothea Röschmann, Bernarda Fink, Elisabeth von Magnus, Michael Schade, Markus Schäfer, Dietrich Henschel, Oliver Widmer, Arnold Schönberg Chor, Wiener Sängerknaben, Concentus Musicus Wien, Nikolaus Harnoncourt | | 3 |
| 2000 | Armida | Haydn; Bartoli, Petibon, Prégardien, Schäfer, Weir, Widmer, Concentus Musicus Wien, Harnoncourt | | 1 |
| 2001 | Symphonie de Psaumes / Pater Noster / Ave Maria / Cantata | Igor Strawinsky; Windsbacher Knabenchor, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Karl-Friedrich Beringer, Claudia Barainsky & Markus Schäfer | | 1 |
| 2002 | La Clemenza di Scipione | Johann Christian Bach; Linda Perillo, Christine Wolff, Jörg Waschinski, Markus Schäfer, Hans-Jörg Mammel, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert & Hermann Max | | 1 |
| 2003 | Moisè in Egitto | Leopold Koželuh; Simone Kermes, Linda Perillo, Markus Schäfer, Tom Sol, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2005 | Matthäuspassion | Johann Sebastian Bach; van der Meel, Nolte, Chung, Couwenbergh, Kielland, Schäfer, Müller‐Brachmann, Dresdner Kammerchor, Knaben des Kölner Domchoren, Kölner Kammerorchester, Helmut Müller‐Brühl | | 1 |
| 2006 | Sacred Cantatas for Alto and for Tenor | J. S. Bach, Telemann, Hoffmann; Marianne Beate Kielland, Markus Schäfer, Cologne Chamber Orchestra, Helmut Müller-Brühl | | 1 |
| 2007 | Weltliche Kantaten, BWV 30a & 207 | Johann Sebastian Bach; Monika Frimmer, Robin Blaze, Markus Schäfer, Stephan MacLeod, Les Chantres Du Centre De Musique Baroque De Versailles, Café Zimmermann, Gustav Leonhardt | | 1 |
| 2015 | Das Lied von der Erde | Mahler, Schönberg, Riehn; Ivonne Fuchs, Markus Schäfer, Linos Ensemble | | 1 |
| 2015 | Requiem | Simon Mayr; Thornhill, Ruckgaber, Holzhauser, Thoma, Schäfer, Sellier, Berner, Mittelhammer, Mischok, Simon Mayr Chorus and Ensemble, Franz Hauk | | 1 |
| 2015 | Weihnachtsoratorium BWV 248, Kantaten 4-6 | Johann Sebastian Bach; Windsbacher Knabenchor, Martin Lehmann, Jutta Böhnert, Rebecca Martin, Markus Schäfer & Thomas Laske | | 1 |
| 2016 | Saffo | Johann Simon Mayr; Andrea Lauren Brown, Markus Schäfer, Jaewon Yun, Marie Sande Papenmeyer, Katharina Ruckgaber, Daniel Preis, Members of the Bavarian State Opera Chorus, Simon Mayr Chorus, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 1 |
| 2017 | Miserere In G minor / Litaniae Lauretanae | Simon Mayr; Andrea Lauren Brown, Jens Hamann, Theresa Holzhauser, Virgil Mischok, Markus Schäfer, Robert Sellier, Jaewon Yun, Members of the Bavarian State Opera Chorus, Simon Mayr Choir, Concerto de Bassus, Virtuosi Italiani, Franz Hauk | | 1 |
| 2019 | Bach: Magnificat / Helmschrott: Lumen | J. S. Bach, Robert Maximilian Helmschrott; Körber, Karmasin, Holzhauser, Lousseau, Schäfer, Sellier, Mattersberger, Mallmann, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 2 |
| 2021 | The Small Song Cycles | Schubert; Markus Schäfer, Zvi Meniker | | 1 |
| 2021 | Winterreise | Franz Schubert; Markus Schäfer, Tobias Koch | | 1 |
| 2022 | 12 Lieder, op. 51 / 17 Gesänge, op. 70 | Max Reger; Markus Schäfer, Ernst Breidenbach | | 2 |
