| 1988 | Paulus | Felix Mendelssohn; Rachel Yakar, Brigitte Balleys, Markus Schäfer, Thomas Hampson, Chœr Symphonique & Orquestre de la Fondation Gulbenkian de Lisbonne, Michel Corboz | | 1 |
| 1992 | Mass in B minor, BWV 232 | Johann Sebastian Bach; Friederike Wagner, Faridah Schäfer-Subrata, Martina Koppelstetter, Markus Schäfer, Hartmut Elbert, Slovak Philharmonic Choir, Capella Istropolitana, Christian Brembeck | | 1 |
| 1992 | Acis und Galatea | Handel/Mozart; Barbara Bonney, Jamie MacDougall, Markus Schäfer, John Tomlinson, The English Concert & Choir, Trevor Pinnock | | 2 |
| 1992 | Matthäus-Passion (version Leipzig 1841) | Bach, Mendelssohn Bartholdy; Jochens, Lika, Kazimierczuk, Browner, Schäfer, Selig, Chorus Musicus, Das Neue Orchester, Christoph Spering | | 1 |
| 1994 | Messe h-Moll, BWV 232 | Johann Sebastian Bach; Christine Schäfer, Ingeborg Danz, Markus Schäfer, Thomas Quasthoff, Windsbacher Knabenchor, Deutsche Kammerakademie Neuss, Karl-Friedrich Beringer | | 2 |
| 1997 | Don Giovanni | W.A. Mozart; Werner Van Mechelen, Huub Claenssens, Elena Vink, Markus Schäfer, Nancy Argenta, Nanco de Vries, Christina Högman, Harry van der Kamp, Collegium Compostellanum, La Petite Bande, Sigiswald Kuijken | | 1 |
| 1999 | Christmas Oratorio | Carl Heinrich Graun; Schmithüsen, Mertens, Norin, Schäfer, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2000 | Matthäus-Passion BWV 244 | Johann Sebastian Bach; Christoph Prégardien, Matthias Goerne, Christine Schäfer, Dorothea Röschmann, Bernarda Fink, Elisabeth von Magnus, Michael Schade, Markus Schäfer, Dietrich Henschel, Oliver Widmer, Arnold Schönberg Chor, Wiener Sängerknaben, Concentus Musicus Wien, Nikolaus Harnoncourt | | 4 |
| 2000 | Armida | Haydn; Bartoli, Petibon, Prégardien, Schäfer, Weir, Widmer, Concentus Musicus Wien, Harnoncourt | | 1 |
| 2000 | Die Heimkehr Vol. 1 | Johann Hoven; Markus Schäfer, Christian de Bruyn | | 1 |
| 2000 | Die Heimkehr Vol. 2 | Johann Hoven; Markus Schäfer, Christian de Bruyn | | 1 |
| 2001 | Sacred Works | Johann Christian Bach; Emma Kirkby, Markus Schäfer, L’Orfeo Barockorchester & Michi Gaigg | | 1 |
| 2001 | Die Heimkehr Vol. 3 | Johann Hoven; Markus Schäfer, Christian de Bruyn | | 1 |
| 2001 | Giob | Carl Ditters von Dittersdorf; Romelia Lichtenstein, Markus Schäfer, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2001 | Symphonie de Psaumes / Pater Noster / Ave Maria / Cantata | Igor Strawinsky; Windsbacher Knabenchor, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Karl-Friedrich Beringer, Claudia Barainsky & Markus Schäfer | | 1 |
| 2002 | La Clemenza di Scipione | Johann Christian Bach; Linda Perillo, Christine Wolff, Jörg Waschinski, Markus Schäfer, Hans-Jörg Mammel, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert & Hermann Max | | 1 |
| 2003 | Moisè in Egitto | Leopold Koželuh; Kermes, Perillo, Schäfer, Sol, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2004 | Requiem - Symphonies P9 & P16 | Michael Haydn, Johannette Zomer, Helena Rasker, Markus Schäfer, Klaus Mertens, Orchestre de Chambre de Lausanne & Christian Zacharias | | 1 |
| 2005 | Die vier letzten Dinge | Joseph Eybler; Scholl, Schäfer, Kooij, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2005 | Matthäuspassion | Johann Sebastian Bach; van der Meel, Nolte, Chung, Couwenbergh, Kielland, Schäfer, Müller‐Brachmann, Dresdner Kammerchor, Knaben des Kölner Domchoren, Kölner Kammerorchester, Helmut Müller‐Brühl | | 1 |
| 2006 | Sacred Cantatas for Alto and for Tenor | J. S. Bach, Telemann, Hoffmann; Marianne Beate Kielland, Markus Schäfer, Cologne Chamber Orchestra, Helmut Müller‐Brühl | | 1 |
| 2007 | Die Könige in Israel | Ferdinand Ries; Gramß, Romberger, Schäfer, van der Kamp, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2007 | Weltliche Kantaten, BWV 30a & 207 | Johann Sebastian Bach; Monika Frimmer, Robin Blaze, Markus Schäfer, Stephan MacLeod, Les Chantres Du Centre De Musique Baroque De Versailles, Café Zimmermann, Gustav Leonhardt | | 1 |
| 2007 | Lied Edition 25 - Romantic Poets, Vol. 2 | Franz Schubert; Markus Schäfer & Ulrich Eisenlohr | | 1 |
| 2008 | Der Messias | Andreas Romberg; Schäfer, Winter, Abele, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2009 | Große Passion | Carl Heinrich Graun; Winter, Andersen, Schäfer, Abele, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2009 | Lied Edition 32 - Part Songs, Vol. 1 | Franz Schubert; Ulrich Eisenlohr, Sibylla Rubens, Regina Jakobi, Marcus Ullmann, Marcus Schmidl, Ingeborg Danz, Silke Schwarz, Markus Flaig, Markus Schäfer & Thomas E. Bauer | | 1 |
| 2009 | Lied Edition 33 - Part Songs, Vol. 2 | Franz Schubert; Sibylla Rubens, Silke Schwarz, Regina Jakobi, Ingeborg Danz, Ulrich Eisenlohr, Marcus Ullmann, Markus Schäfer & Thomas E. Bauer | | 1 |
| 2009 | Lied Edition 34 - Part Songs, Vol. 3 | Franz Schubert; Markus Schäfer, Marcus Ullmann, Thomas E. Bauer, Marcus Schmidl & Ulrich Eisenlohr | | 1 |
| 2013 | Der Sieg des Glaubens | Ferdinand Ries; Libor, Lehmkuhl, Schäfer, Flaig, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2013 | O erhabnes Glück der Ehe: Hochzeitsoratorium Mutzenbecher | Georg Philipp Telemann; Oitzinger, Morrison, Schäfer, Schröder, Vieweg, Christos Pelekanos, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2015 | Das Lied von der Erde | Mahler, Schönberg, Riehn; Ivonne Fuchs, Markus Schäfer, Linos Ensemble | | 1 |
| 2015 | Requiem | Simon Mayr; Thornhill, Ruckgaber, Holzhauser, Thoma, Schäfer, Sellier, Berner, Mittelhammer, Mischok, Simon Mayr Chorus and Ensemble, Franz Hauk | | 1 |
| 2015 | Weihnachtsoratorium BWV 248, Kantaten 4-6 | Johann Sebastian Bach; Windsbacher Knabenchor, Martin Lehmann, Jutta Böhnert, Rebecca Martin, Markus Schäfer & Thomas Laske | | 1 |
| 2016 | Saffo | Johann Simon Mayr; Andrea Lauren Brown, Markus Schäfer, Jaewon Yun, Marie Sande Papenmeyer, Katharina Ruckgaber, Daniel Preis, Members of the Bavarian State Opera Chorus, Simon Mayr Chorus, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 1 |
| 2017 | Telemaco | Mayr; Siri Karoline Thornhill, Andrea Lauren Brown, Jaewon Yun, Markus Schäfer & Franz Hauk | | 1 |
| 2017 | Die Geisterinsel | Johann Friedrich Reichardt; Staude, Lichtenstein, Schäfer, Abele, Sol, Rheinische Kantorei, Das Kleine Konzert, Hermann Max | | 1 |
| 2017 | Miserere In G minor / Litaniae Lauretanae | Simon Mayr; Andrea Lauren Brown, Jens Hamann, Theresa Holzhauser, Virgil Mischok, Markus Schäfer, Robert Sellier, Jaewon Yun, Members of the Bavarian State Opera Chorus, Simon Mayr Choir, Concerto de Bassus, Virtuosi Italiani, Franz Hauk | | 1 |
| 2018 | Venetian solo Motets | Johannes Simon Mayr; Andrea Lauren Brown, Markus Schäfer, Virgil Mischok, I Virtuosi Italiani, Franz Hauk | | 1 |
| 2018 | Motets, Vol. 2 | Johannes Simon Mayr; Andrea Lauren Brown, Markus Schäfer, Daniel Ochoa, Simon Mayr Chorus, Concerto de Bassus, I Virtuosi Italiani, Franz Hauk | | 1 |
| 2019 | Bach: Magnificat / Helmschrott: Lumen | J. S. Bach, Robert Maximilian Helmschrott; Körber, Karmasin, Holzhauser, Lousseau, Schäfer, Sellier, Mattersberger, Mallmann, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 2 |
| 2019 | I Cherusci | Johann Simon Mayr; Markus Schäfer, Yvonne Prentki, Andrea Lauren Brown, Andreas Mattersberger, Katharina Konradi, Uwe Gottswinter, Members of the Bavarian State Opera Chorus, Simon Mayr Chorus, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 1 |
| 2020 | Mass in E flat major | Johann Simon Mayr; Szczepańska, Krödel, Schäfer, Ochoa, Simon Mayr Chorus, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 1 |
| 2020 | Le due Duchesse | Johann Simon Mayr; Markus Schäfer, Yvonne Prentki, Andrea Lauren Brown, Andreas Mattersberger, Katharina Konradi, Uwe Gottswinter, Members Of The Bavarian State Opera Chorus, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 1 |
| 2020 | Die Heimkehr | Johann Hoven;Markus Schäfer, Christian de Bruyn | | 1 |
| 2021 | The Small Song Cycles | Schubert; Markus Schäfer, Zvi Meniker | | 1 |
| 2021 | Winterreise | Franz Schubert; Markus Schäfer, Tobias Koch | | 1 |
| 2022 | Alfredo il grande (Original 1819 Milan Version) | Mayr; Marie-Luise Dressen, Markus Schäfer, Daniel Ochoa, Anna Feith, Sophia Körber, Phillipp Polhardt, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 1 |
| 2022 | 12 Lieder, op. 51 / 17 Gesänge, op. 70 | Max Reger; Markus Schäfer, Ernst Breidenbach | | 2 |
| 2023 | St. Luke Passion | Johann Heinrich Rolle; Thornhill, Bill, Schäfer, Hymas, Dahlmann, Vieweg, Kölner Akademie, Michael Alexander Willens | | 1 |
| 2024 | Messa solenne in D minor | Johann Simon Mayr; Feith, Bernagiewicz, Apffelstaedt, Schäfer, Zhi, Mallmann, Simon Mayr Chorus, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 1 |
| 2025 | Amor non ha Ritegno | Johann Simon Mayr; Suh, Schäfer, Ochoa, Mallmann, Feith, Capitelli, Polhardt, Simon Mayr Chorus, Concerto de Bassus, Franz Hauk | | 1 |
| — | Kaiser-Kantaten | Beethoven; Bodil Arnesen, Markus Schäfer, Alan Titus, Rundfunkchor Berlin, Rundfunk‐Sinfonieorchester Berlin, Karl Anton Rickenbacher | | 1 |
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