| 1967 | Trois concertos | Vivaldi, Biscogli; Maurice André, Jean‐Pierre Rampal, Pierre Pierlot, Lily Laskine, Marie‐Claire Alain, Robert Veyron‐Lacroix, Orchestre de chambre Jean‐François Paillard | | 1 |
| 1969 | Trompette et orgue, vol. 3 | Maurice André avec Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1970 | Trompette et orgue, vol. 4 | Maurice André & Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1978 | Treize Noëls pour orgue | Claude Balbastre; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1981 | Litanies a la Vierge Noire / Quatre Motets pour un Temps de Penitence / Laudes a Saint Antoine de Padoue / Ave Verum Corpus / Salve Regina / Exultate Deo | Francis Poulenc; Groupe Vocal de France, John Alldis, Marie‐Claire Alain | | 2 |
| 1982 | Toccata / Symphonie gothique / Symphonie n° 6 | Charles‐Marie Widor; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1984 | Toccata et Fugue / Passacaglia / Fugue / Concerto / Fantaisie & Fugue | Johann Sebastian Bach; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1984 | Chorals pour Orgue | J.S. Bach; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1984 | Concertos pour orgue | Haendel; Orchestre de chambre Jean‐François Paillard, Marie‐Claire Alain | | 2 |
| 1984 | Praeludium / Passacaglia / Chorals... | Dieterich Buxtehude; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1985 | Toccata & Fugue / Passacaglia | J.S. Bach; Marie‐Claire Alain | | 2 |
| 1985 | Préludes et fugues / Sonates / Andante varié | Felix Mendelssohn; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1986 | Concertos pour Orgue | J. Haydn, C. Ph. E. Bach; Th. Guschlbauer, J.F. Paillard, Marie‐Claire Alain | 3 | 1 |
| 1986 | Concerto pour orgue / Concert champêtre pour clavecin | Francis Poulenc; Marie‐Claire Alain, Ton Koopman, Rotterdams Philharmonisch Orkest, James Conlon | | 2 |
| 1986 | Noëls pour orgue | Louis‐Claude Daquin, Claude Balbastre ; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1986 | Préludes & Fugues / Chorals Pour Orgue | J.S. Bach; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1987 | Toccata, Adagio & Fugue / Pastorale / Préludes & Fugues / Toccata & Fugue | J.S. Bach; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1988 | La Nativité du Seigneur / Apparition de l'Église éternelle / Le Banquet céleste | Olivier Messiaen; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1988 | Organ Works | Buxtehude; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1989 | Missa Choralis / Via Crucis | Franz Liszt; Marie‐Claire Alain, Ensemble Vocal “Audite Nova” de Paris, Jean Sourisse | | 1 |
| 1990 | 4 symphonies pour orgue | Vierne; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1991 | Symphonie nº 3 avec orgue / La Jeunesse d'Hercule | Saint‐Saëns; Marie‐Claire Alain, Wiener Symphoniker; Georges Prêtre | 5 | 1 |
| 1992 | Les Plus Belles Pages de l'Orgue | Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1992 | Die Kunst der Fuge, BWV 1080 | Bach; Marie‐Claire Alain | | 2 |
| 1993 | Les bis pour Orgue | Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1993 | Toccata & Fugue en Ré mineur / Chorals Schübler / Passacaille & Fugue | Bach; Marie‐Claire Alain | | 5 |
| 1994 | Great Toccatas | Marie‐Claire Alain | | 2 |
| 1994 | Les Grandes Toccatas | Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1996 | Great Organ Works | César Franck; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 1997 | La Messe | Nicolas de Grigny; Marie‐Claire Alain, Les Chantres de la Chapelle de Versailles | | 1 |
| 1999 | Requiem / Messe "cum jubilo" / Motets | Duruflé; Anne Sofie von Otter, Thomas Hampson, Marie‐Claire Alain, Orfeón Donostiarra, Orchestre national du Capitole de Toulouse, Michel Plasson | | 1 |
| 2000 | Complete Works for Organ, Volume 1 | Jehan Alain; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 2000 | Premier livre d'orgue: Les Hymnes | Nicolas de Grigny; Marie‐Claire Alain, Compagnie Musicale Catalane, Josep Cabré | | 1 |
| 2001 | Orgues du Jura Franco-Suisse Volume 2 | Eric Lebrun, Marie-Ange Leurent, Olivier Camelin, Frédéric Champion, Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 2001 | Complete Works for Organ, Volume 2 | Jehan Alain; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 2003 | Organ Masterpieces, Volume 1 | J.S. Bach; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 2003 | Organ Masterpieces, Volume 2 | Bach; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 2004 | Complete organ works | César Franck; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| 2005 | Poulenc: Organ Concerto / Alain, Duruflé: Organ Works | Poulenc, Duruflé, Alain; Marie‐Claire Alain, Bamberger Symphoniker, Jean-Jacques Kantorow | | 2 |
| — | Haydn in London | Haydn; Maurice André, Marie‐Claire Alain, Scottish Chamber Orchestra, Raymond Leppard | | 1 |
| — | L'Œuvre pour orgue, vol. 1 | Jehan Alain; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| — | L'Œuvre pour orgue, vol. 2 | Jehan Alain; Marie‐Claire Alain | | 1 |
| — | Marie-Claire Alain joue Jehan Alain | Jehan Alain; Marie‐Claire Alain | | 2 |
| — | Sonates en Trio BWV 525-530 | J.S. Bach; Marie‐Claire Alain | | 2 |
| — | Saint‐Saëns: Messe, op. 4 / Gounod: Messe chorale | Saint‐Saëns, Gounod; Marie‐Claire Alain, Ensemble Vocal de Lausanne, Michel Corboz | | 1 |
| — | Trompette & orgue | Johann Sebastian Bach; Guy Touvron, Marie‐Claire Alain | | 1 |
