| 1988 | Cantates | Buxtehude; Schlick, Frimmer, Chance, Jacobs, Pregardien, Kooy, Hannover Knabenchor, The Amsterdam Baroque Orchestra, Ton Koopman | | 1 |
| 1990 | Johannes-Passion, BWV 245 | J.S. Bach; Christoph Prégardien, Harry van der Kamp, La Petite Bande, Sigiswald Kuijken | | 1 |
| 1990 | Messe c-moll K. 427 / Kyrie d-moll K. 341 | Mozart; Schlick, Frimmer, Prégardien, Mertens, Kölner Kammerchor, Collegium Cartusianum, Peter Neumann | | 3 |
| 1992 | Sinfonietta, op. 1 / Serenade, op. 31 / Now Sleeps the Crimson Petal / Nocturne, op. 60 | Benjamin Britten; Christoph Prégardien, Ib Lanzky-Otto, Tapiola Sinfonietta, Osmo Vänskä | | 1 |
| 1992 | Die schöne Müllerin | Franz Schubert; Christoph Prégardien, Andreas Staier | | 1 |
| 1992 | Die Auferstehung und Himmelfahrt Jesu | C. P. E. Bach; Hillevi Martinpelto, Christoph Prégardien, Peter Harvey, Collegium Vocale, Orchestra of the Age of Enlightenment, Philippe Herreweghe | | 1 |
| 1992 | Elias | Felix Mendelssohn-Bartholdy; Maria Venuti, Alison Browner, Christoph Prégardien, Peter Lika, Limburger Domsingknaben, Mitglieder des Gürzenich-Orchesters Köln & Klaus Knubben | | 1 |
| 1993 | Lieder nach Gedichten von Friedrich Schiller | Schubert; Christoph Prégardien, Andreas Staier | | 1 |
| 1993 | St. John Passion | Johann Sebastian Bach; Orchestra of the Eighteenth Century, Annegeer Stumphius, James Bowman, Van der Meel, Christoph Prégardien, Kristinn Sigmundsson, Peter Kooij, Netherlands Chamber Choir, Frans Brüggen | | 1 |
| 1994 | Lieder nach gedichten von Johann Wolfgang von Goethe | Schubert; Christoph Prégardien, Andreas Staier | | 1 |
| 1994 | Cantatas with Violoncello Piccolo | Johann Sebastian Bach; Barbara Schlick, Andreas Scholl, Christoph Prégardien, Gotthold Schwarz, Das Leipziger Concerto Vocale, Ensemble Baroque de Limoges, Christophe Coin | | 10 |
| 1994 | Lieder nach Gedichten von Heinrich Heine | Schubert, Schumann, Mendelssohn Bartholdy; Christoph Prégardien, Andreas Staier | | 1 |
| 1994 | Regina coeli, K. 108 / Litaniae lauretanae, K. 109 / Benedictus sit deus, K. 117 / Te deum laudamus, K. 141 | Wolfgang Amadeus Mozart; Bonney, Margiono, Mei, von Magnus, Azesberger, Heilmann, Prégardien, van der Walt, Cachemaille, Arnold Schoenberg Chor, Nikolaus Harnoncourt | | 1 |
| 1995 | The Hyperion Schubert Edition, Volume 23: Songs of 1816 | Franz Schubert; Christoph Prégardien, Graham Johnson | | 1 |
| 1995 | Coronation Mass / Missa solemnis | Mozart; Kwella, Groenewold, Prégardien, Selig, Kölner Kammerchor, Collegium Cartusianum, Peter Neumann | | 1 |
| 1995 | Grabmusik, K. 42 / Regina coeli, K. 127 / Ave verum corpus, K. 618 | Mozart; Hampson, McNair, Bonney, Margiono, Prégardien, Von Magnus, Arnold Schoenberg Chor, Concentus Musicus Wien, Nikolaus Harnoncourt | | 1 |
| 1995 | Requiem in D minor / Ave verum corpus | Mozart; Panzarella, Stutzmann, Prégardien, Berg, Les Arts Florissants, William Christie | 5 | 1 |
| 1996 | Lieder von Abschied und Reise | Franz Schubert; Christoph Prégardien, Michael Gees | | 1 |
| 1996 | Harmoniemesse / Te Deum | J. Haydn; Piau, Groop, Prégardien, van der Kamp, Chœur de Chambre de Namur, La Petite Bande, Sigiswald Kuijken | | 1 |
| 1997 | Winterreise | Schubert; Christoph Prégardien, Andreas Staier | | 1 |
| 1997 | Requiem / Maurerische Trauermusik | Wolfgang Amadeus Mozart; Diana Montague, Michael Chance, Christoph Prégardien, Franz-Josef Selig, Kölner Kammerchor, Collegium Cartusianum, Peter Neumann, Sir Roger Norrington | | 1 |
| 1998 | Messe BWV 232 h-moll | Johann Sebastian Bach; Invernizzi, Dawson, Banditelli, Prégardien, Mertens, Coro della Radio Svizzera, Lugano, Sonatori de la Gioiosa Marca, Diego Fasolis | | 1 |
| 1999 | Weihnachts-Oratorium BWV 248 | Johann Sebastian Bach; Thomanerchor Leipzig, Gewandhausorchester Leipzig, Barbara Schlick, Christoph Prégardien, Klaus Mertens, Georg Christoph Biller | | 1 |
| 2000 | Matthäus-Passion BWV 244 | Johann Sebastian Bach; Christoph Prégardien, Matthias Goerne, Christine Schäfer, Dorothea Röschmann, Bernarda Fink, Elisabeth von Magnus, Michael Schade, Markus Schäfer, Dietrich Henschel, Oliver Widmer, Arnold Schönberg Chor, Wiener Sängerknaben, Concentus Musicus Wien, Nikolaus Harnoncourt | | 3 |
| 2000 | Armida | Haydn; Bartoli, Petibon, Prégardien, Schäfer, Weir, Widmer, Concentus Musicus Wien, Harnoncourt | | 1 |
| 2000 | Deus Passus: Passions-Stücke nach Lukas | Wolfgang Rihm; Juliane Banse, Iris Vermillion, Cornelia Kallisch, Christoph Prégardien, Andreas Schmidt, Gächinger Kantorei, Bach‐Collegium Stuttgart, Helmuth Rilling | | 1 |
| 2003 | Cantatas & Masses | J S Bach; Barbara Schlick, Agnès Mellon, Gérard Lesne, Charles Brett, Howard Crook, Christoph Prégardien, Peter Kooy, Collegium Vocale Gent, Philippe Herreweghe | | 1 |
| 2008 | Winterreise (version de chambre) | Schubert; Christoph Prégardien, Pentaèdre | | 1 |
| 2008 | Die schöne Müllerin | Franz Schubert; Christoph Prégardien, Michael Gees | | 1 |
| 2008 | Schwanengesang and songs after Seidl | Franz Schubert; Christoph Prégardien & Andreas Staier | | 1 |
| 2009 | Between Life and Death (Songs and Arias) | Christoph Prégardien & Michael Gees | | 1 |
| 2011 | Wanderer | Schumann, Killmayer, Mahler; Christoph Prégardien, Ensemble Kontraste | | 1 |
| 2013 | Winterreise | Franz Schubert; Christoph Prégardien, Michael Gees | | 2 |
| 2013 | Orchestral Songs | Mahler, Rihm; Christoph Prégardien, Bochumer Symphoniker, Steven Sloane | | 1 |
| 2014 | Complete Symphonies / Das Paradies und die Peri | Robert Schumann; Barbara Bonney, Christoph Prégardien, Bernarda Fink, Gerald Finley, Neill Archer, Alexandra Coku, Cornelius Hauptmann, Monteverdi Choir, Orchestre Révolutionnaire et Romantique, Sir John Eliot Gardiner | | 1 |
| 2014 | Father and Son | Christoph & Julian Prégardien, Michael Gees | | 1 |
| 2018 | Auf Flügeln des Gesanges | Christoph Prégardien, Cyprien Katsaris | | 1 |
| 2019 | Schumann: Dichterliebe Op. 48, Lenau-Lieder und Requiem p. 90 / Wagner: Wesendonck Lieder | Robert Schumann, Richard Wagner; Christoph Prégardien & Michael Gees | | 1 |
| 2021 | Complete Songs • 1 | Brahms; Christoph Prégardien, Ulrich Eisenlohr | | 1 |
| — | Schuberts "Winterreise": eine komponierte Interpretation | Hans Zender; Christoph Prégardien, Klangforum Wien, Sylvain Cambreling | | 1 |
