| 1984 | Die letzten Dinge | Louis Spohr, Shirai, Lipovšek, Protschka, Hölle, Radio‐Sinfonieorchester Stuttgart, Südfunk-Chor, Gustav Kuhn | | 1 |
| 1986 | Die Schöpfung | Joseph Haydn; Edita Gruberová, Josef Protschka, Robert Holl, Arnold Schoenberg Chor, Wiener Symphoniker, Nikolaus Harnoncourt | 5 | 2 |
| 1987 | Krönungsmesse, KV 317 / Vesperae Solennes de Confessore, KV 339 | Wolfgang Amadeus Mozart; Joan Rodgers, Elisabeth von Magnus, Josef Protschka, László Polgár, Arnold Schönberg Chor, Choralschola der Wiener Hofburgkapelle, Concentus Musicus Wien, Nikolaus Harnoncourt | | 1 |
| 1988 | Dichterliebe / Liederkreis | Robert Schumann; Josef Protschka, Helmut Deutsch | | 1 |
| 1988 | Die Fledermaus | Johann Strauss; Edita Gruberová, Barbara Bonney, Werner Hollweg, Josef Protschka, De Nederlandse Opera Chorus, Concertgebouw Orchestra Amsterdam, Nikolaus Harnoncourt | | 3 |
| 1988 | Requiem d-moll KV 626 | Wolfgang Amadeus Mozart; Windsbacher Knabenchor, Karl-Friedrich Beringer, Münchner Bachsolisten, Maria Venuti, Ursula Kunz, Josef Protschka, Peter Lika | | 1 |
| 1990 | Fierrabras | Franz Schubert; Josef Protschka, Karita Mattila, Cheryl Studer, Robert Gambill, Thomas Hampson, Robert Holl, László Polgár, Arnold Schönberg Chor, The Chamber Orchestra of Europe, Claudio Abbado | | 2 |
| 1990 | Missa Solemnis c-moll KV 139 (47a) / Exsultate, Jubilate KV 165 (158a) | Wolfgang Amadeus Mozart; Barbara Bonney, Jadwiga Rappé, Josef Protschka, Håkan Hagegård, Concentus Musicus Wien, Nikolaus Harnoncourt | | 2 |
| 1994 | Der fliegende Holländer | Wagner; Behrens, Hale, Protschka, Rydl, Heilmann, Konzertvereinigung Wiener Staatsopernchor, Wiener Philharmoniker, Dohnányi | | 2 |
| 2005 | Undine | Lortzing; Protschka, Krause, Janssen, WDR Rundfunkorchester Köln, Kurt Eichhorn | | 1 |
| 2013 | Der Schatzgräber | Franz Schreker; Josef Protschka, Gabriele Schnaut, Harald Stamm, Peter Haage, Hans Helm, Philharmonisches Staatsorchester, Gerd Albrecht | | 1 |
