| 1991 | »Coronation Mass« • Missa Brevis »Spatzenmesse« • Exsultate, Jubilate • Laudate Dominum • Ave Verum | Wolfgang Amadeus Mozart, Karajan • Kubelik • Klee | | 1 |
| 1991 | Schoenberg: Piano Concerto / Violin Concerto / Berg: Violin Concerto | Schoenberg, Berg; Alfred Brendel, Zvi Zeitlin, Henryk Szeryng, Symphonie‐Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelik | | 1 |
| 1991 | Schönberg: Gurre‐Lieder / Schönberg, Berg, Webern: Lieder | Schönberg; Borkh, Schachtschneider, Töpper, Engen, Fehenberger, Symphonie‐Orchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík / Schönberg, Berg, Webern; Fischer‐Dieskau, Reimann | | 1 |
| 1993 | Dvořák: Symphonies nos. 7, 8 & 9 / The Wood Dove / Smetana: The Moldau | Dvořák, Smetana; Rafael Kubelík | | 1 |
| 1993 | Eine kleine Nachtmusik / Haffner Serenade | Mozart; Ferenc Fricsay, Rafael Kubelík | 4 | 1 |
| 1993 | Klavierkonzert / Kinderszenen / Carnaval | Schumann; Wilhelm Kempff, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 3 |
| 1993 | Mein Vaterland, Die Verkaufte Braut: Tänze | Bedřich Smetana; Boston Symphony Orchestra, Rafael Kubelík, Berliner Philharmoniker, Herbert von Karajan | | 4 |
| 1993 | Overtures & Preludes | Richard Wagner; Karl Böhm, Rafael Kubelík, Eugen Jochum | | 2 |
| 1993 | Symphonie no. 4 “Italienische” / Ouverture “Die Hebriden” / Ein Sommernachtstraum (auszüge) | Mendelssohn; Leonard Bernstein, Rafael Kubelík | | 5 |
| 1993 | Violin Concerto / 3 Pieces for Orchestra, op. 6 / Lyric Suite (excerpts) | Berg; Henryk Szeryng, Rafael Kubelík, Herbert von Karajan | | 2 |
| 1994 | Symphonien Nr. 7 & 8 | Dvořák; Berliner Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1994 | Symphony Nr. 9 / Slavische Tänze | Dvořák; Berliner Philharmoniker, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1994 | Dvořák: Stabat Mater / Janáček: Messe Glagolitique | Dvořák, Janáček; Václav Smetáček, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1994 | Konzert für Klavier und Orchester / Peer Gynt Suite no. 1 / Peer Gynt Suite no. 2 | Grieg; Géza Anda, Berliner Philharmoniker, Herbert von Karajan, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1994 | Overtures & Preludes | Wagner; Karl Böhm, Orchester der Bayreuther Festspiele, Rafael Kubelík, Berliner Philharmoniker, Eugen Jochum, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Otto Gerdes, Orchester der Deutschen Oper Berlin | | 3 |
| 1994 | Violinkonzert / Streicherserenade | Antonín Dvořák; Edith Peinemann, Peter Maag, Rafael Kubelík | | 2 |
| 1995 | Borodin: Symphony No. 2 / Polovtsian Dances / Mussorgsky: Night on Bald Mountain | Borodin, Mussorgsky; Kubelik, Steinberg, Karajan | | 1 |
| 1995 | Water Music / Musique pour les feux d'artifice | George Frideric Handel; R. Kubelík, K. Richter | | 1 |
| 1996 | The Best of Beethoven | Ludwig van Beethoven; Karl Böhm, Yehudi Menuhin, Rafael Kubelík, Wilhelm Kempff | | 2 |
| 1997 | Mozart: Symphony no. 38 / Dvořák: From the New World | Dvořák, Mozart; Chicago Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1998 | Peer Gynt-Suiten / Klavierkonzert | Grieg; Géza Anda, Gothenburg Symphony Orchestra, Neeme Järvi, Rafael Kubelík | 4 | 2 |
| 1998 | Má vlast / Richard III / Wallenstein’s Camp / Hakon Jarl / Prague Carnival / The Bartered Bride | Smetana; Rafael Kubelík, James Levine | | 1 |
| 1998 | Bartók: The Miraculous Mandarin, Suite / Kodály: Peacock Variations / Hindemith: Symphonic Metamorphosis / Schoenberg: Five Pieces, op. 16 | Bartók, Kodály, Hindemith, Schoenberg; Chicago Symphony Orchestra, Antal Doráti, Rafael Kubelík | | 1 |
| 1998 | Cäcilien-Messe / Paukenmesse / Kleine Orgelmesse | Haydn; Eugen Jochum, Rafael Kubelík, Theobald Schrems | | 1 |
| 1998 | Ein Sommernachtstraum / Die Hebriden / Die schöne Melusine | Felix Mendelssohn Bartholdy; Chor und Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, London Symphony Orchestra, Chmura, Kubelík | | 1 |
| 1999 | Deutsche Grammophon Collection: Janáček: Glagolitic Mass / Stravinsky: Symphony of Psalms | Leoš Janáček, Igor Stravinsky; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Chor der Deutschen Oper Berlin, Berliner Philharmoniker, Rafael Kubelík, Herbert von Karajan | | 1 |
| 1999 | Sinfonia n.º 6 en re mayor, op. 60 / Serenata para cuerda en mi mayor, op. 22 | Dvořák; Orquesta Filarmónica de Berlín, English Chamber Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2000 | Ouvertüren / Klarinettenkonzert | Carl Maria von Weber; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Berliner Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 2 |
| 2000 | Italian Symphony / Violin Concerto / A Midsummer Night’s Dream | Felix Mendelssohn; Anne‐Sophie Mutter, Herbert von Karajan, Rafael Kubelík | 4 | 1 |
| 2000 | Symphony "From The New World" / Slavonic Dances | Antonín Dvořák; Herbert von Karajan, Rafael Kubelík, Neville Marriner | | 3 |
| 2000 | Dvořák: Symphony no. 9 / Smetana: Die Moldau | Dvořák, Smetana; Berlin Philharmonic, Boston Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 2 |
| 2001 | Symphony no. 2 in B minor / Prince Igor: Orchestral Music | Borodin; Vienna Philharmonic, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2002 | The Moldau / Symphonic Poems | Smetana; Czech Philharmonic Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2002 | Slavonic Dances opp. 46 & 72 / Overtures & Symphonic Poems | Dvořák; Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 2 |
| 2002 | Slavonic Dances, op. 46 / Overture “Carnival” / The Water Goblin / Scherzo capriccioso | Antonín Dvořák; Bavarian Radio Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 2 |
| 2003 | Symphonies 7 & 8 | Dvořák; Rafael Kubelík | | 1 |
| 2004 | Slavonic Dances / Cello Concerto in B minor | Dvořák; Pierre Fournier, Berlin Philharmonic, George Szell, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2008 | Portrait | Rafael Kubelík | | 1 |
| 2010 | Requiem / Great Mass in C minor / Missa brevis in C major | Mozart; Herbert von Karajan, James Levine, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2011 | The Symphonies / Das Lied von der Erde | Gustav Mahler; Kubelík, Klemperer, Boult, Reiner, Walter, Mitropoulos, Rosbaud, Stokowski | | 1 |
| 2011 | Rafael Kubelik Conducts Great Symphonies | Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Rafael Kubelík | | 1 |
| 2011 | Symphonies n° 6, n° 7, n° 8 et n° 9 "Du Nouveau Monde" | Dvořák; Berliner Philharmoniker, Rafael Kubelík | | 2 |
| 2012 | Piano concerto / Kinderszenen | Wilhelm Kempff, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks & Rafael Kubelík | 5 | 1 |
| 2013 | Symphonies N° 1, « Titan » et 5 / Lieder eines fahrenden Gesellen | Mahler; Dietrich Fischer‐Dieskau, Orchestre symphonique de la Radiodiffusion bavaroise, Rafael Kubelik | | 1 |
| 2014 | The Symphony Edition | Beethoven, Schumann, Dvořák, Mahler; Rafael Kubelík | | 1 |
| 2014 | 5 Great Operas on Deutsche Grammophon & Decca | Mozart, Weber, Verdi, Mascagni, Leoncavallo; Solti, Kubelík, Serafin, Karajan | | 1 |
| 2016 | Bach: Violin Concerto in E major / Mozart: Violin Concerto no. 3 | Johann Sebastian Bach; Wolfgang Amadeus Mozart; Gioconda de Vito, London Symphony Orchestra, Royal Philharmonic Orchestra & Rafael Kubelík | | 1 |
| 2017 | Symphonies Nos. 1–4 | Johannes Brahms; Rafael Kubelík & Wiener Philharmoniker | | 1 |
| 2017 | Symphonies No. 6, 7 & 8 | Ludwig van Beethoven; Rafael Kubelík | | 1 |
| 2018 | Complete Recordings on Deutsche Grammophon | Rafael Kubelík | | 1 |
| 2019 | Piano Concertos nos. 2 and 3 / Concerto for Orchestra / Music for Strings, Percussion and Celesta | Béla Bartók; György Sándor, Annie Fischer, Végh Quartet, Wiener Symphoniker, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Ferenc Fricsay, Rafael Kubelík, Camerata Salzburg, Sándor Végh | | 1 |
| 2019 | The Collection of East Classics | Rafael Kubelík | | 1 |
| — | Beethoven: Concerto for Piano and Orchestra no. 5 "Emperor" / Mozart: Symphony no. 41 "Jupiter" | Beethoven, Mozart; Clifford Curzon, Bavarian Radio Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| — | Le 9 sinfonie | Ludwig van Beethoven; Rafael Kubelík | | 1 |
| — | New World Symphony / Ma Vlast | Dvořák, Smetana; Czech Philharmonic Orchestra, George Szell, Rafael Kubelík | | 1 |
| — | Symphony no. 1 | Gustav Mahler; Bavarian Radio Symphony Orchestra, Rafael Kubelík | | 1 |
| — | Wiener Philharmoniker | Wiener Philharmoniker , Wilhelm Furtwängler , Bruno Walter , Fritz Busch , Erich Kleiber , Carl Schuricht , Herbert von Karajan , Karl Böhm , Hans Knappertsbusch , Rafael Kubelík , Richard Strauss | | 1 |
