| 1983 | London Symphony Orchestra, Vol. I | Zappa; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | 4 | 2 |
| 1987 | London Symphony Orchestra, Vol. II | Zappa; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 2 |
| 1990 | The Yellow Pages / Rust / Vanada / Slate / Adjustable Wrench | Michael Torke; London Sinfonietta, Nagano, Miller | | 1 |
| 1992 | The Death of Klinghoffer | John Adams, Alice Goodman; Orchestre de l'Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 2 |
| 1992 | Dialogues des Carmélites | Poulenc; Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1992 | La Bœuf sur le toit | Darius Milhaud; Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano, Frédérique Cambreling | | 1 |
| 1993 | Arlecchino / Turandot | Busoni; Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra de Lyon | | 1 |
| 1993 | L'Œuvre de Edgar Varèse, Volume 1: 1920-1927 | Edgard Varèse; Phyllis Bryn‐Julson, Orchestre National de France, Kent Nagano | | 2 |
| 1993 | Prokofieff: Peter & der Wolf / Poulenc: Die Geschichte von Barbar, dem kleinen Elefanten | Prokofieff, Francis Poulenc, Marius Müller‐Westernhagen, Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra de Lyon | | 1 |
| 1994 | Peter and the Wolf | Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra de Lyon, narrated by Patrick Stewart | | 2 |
| 1994 | Susannah | Carlisle Floyd; Cheryl Studer, Samuel Ramey, Jerry Hadley, Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1995 | La Damnation de Faust | Berlioz; Susan Graham, Thomas Moser, José van Dam, Orchestre et Chœur de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1995 | Shostakovich & Prokofiev : Violin Concertos | Vadim Repin, Kent Nagano & Hallé | | 1 |
| 1995 | Violin Concertos | Shostakovich, Prokofiev; Vadim Repin, Hallé Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 1995 | Rodrigue et Chimène | Debussy; Brown, Dale, Van Dam, Bastin, Le Texier, Orchestre de l’Opéra de Lyon, Chœur de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1995 | Valses nobles et sentimentales / Rapsodie espagnole / Menuet antique / La valse | Ravel; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 1996 | Les Contes d’Hoffmann | Jacques Offenbach; Orchestre et Chœur de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1996 | Les Contes d’Hoffmann | Jacques Offenbach;Kent Nagano & Orchestre de l’Opéra de Lyon | | 1 |
| 1997 | Die sieben Todsünden / Symphony No.2 | Kurt Weill; Teresa Stratas, Kent Nagano | | 1 |
| 1997 | Sole e amore: Puccini Arias | Giacomo Puccini; Kiri Te Kanawa, Orchestre de l’opéra national de Lyon, Kent Nagano | | 2 |
| 1997 | Der Bürger als Edelmann / Ariadne auf Naxos | Richard Strauss; Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra de Lyon | | 1 |
| 1997 | Canteloube: Chants d'Auvergne / Emmanuel: Chansons bourguignonnes | Canteloube, Emmanuel; Dawn Upshaw, Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra National de Lyon | | 1 |
| 1997 | L'Œuvre de Edgar Varèse, Volume 2: 1925-1961 | Edgard Varèse; Bryn-Julson, Isherwood, Pierlot, Orchestre National de France, Kent Nagano | | 1 |
| 1997 | Werther | Jules Massenet; Jerry Hadley, Anne Sofie von Otter, Dawn Upshaw, Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1998 | Das klagende Lied | Mahler; Urbanová, Rappé, Blochwitz, Hagegård, Hallé Orchestra & Choir, Kent Nagano | | 2 |
| 1998 | Stravinsky Petrushka & Bartok The Miraculous Mandarin | Kent Nagano, London Symphony Orchestra | | 1 |
| 1999 | Le Carnaval d'Aix / Le Boeuf sur le toit / La Creátion du monde / Concertos pour piano / Concerto pour harpe | Milhaud, Claude Helffer, Orchestre national de France, David Robertson, Frédérique Cambreling, Orchestre de l’Opéra de Lyon, Nagano | | 1 |
| 1999 | Saint François d'Assise | Olivier Messiaen; Arnold Schoenberg Chor, Hallé Orchestra, Kent Nagano, José van Dam, Dawn Upshaw | 5 | 1 |
| 1999 | Three Sisters | Eötvös; Lyon Opera Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 1999 | Double Concerto / Two Portraits / Young Apollo / Sinfonietta | Benjamin Britten; Kent Nagano, Yuri Bashmet, Gidon Kremer, Nikolai Lugansky | | 2 |
| 1999 | Lalo: Symphonie espagnole / Chausson: Poème / Ravel: Tzigane | Lalo, Chausson, Ravel; Vadim Repin, London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2000 | A White House Cantata | Bernstein; Thomas Hampson, June Anderson, Barbara Hendricks, Kenneth Tarver, London Voices, London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 2 |
| 2000 | L'Oiseau de Feu | Stravinsky; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2001 | Werke für Klarinette und Viola | Bruch; Paul Meyer, Gérard Caussé, François‐René Duchâble, Orchestre de l'Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 2 |
| 2001 | El Niño | John Adams; Lorraine Hunt Lieberson, Dawn Upshaw, Willard White, Kent Nagano | | 1 |
| 2001 | Chants d'Auvergne | Joseph Canteloube; Orchestre de l'Opéra de Lyon, Kent Nagano, Dawn Upshaw | 5 | 1 |
| 2001 | Turangalîla-Symphonie | Olivier Messiaen; Berliner Philharmoniker, Kent Nagano, Pierre‐Laurent Aimard, Dominique Kim | | 1 |
| 2003 | Serge Prokofiev: Peter and the Wolf / Jean-Pascal Beintus: Wolf Tracks | Serge Prokofiev, Jean-Pascal Beintus; Russian National Orchestra, Kent Nagano, Bill Clinton, Mikhail Gorbachev & Sophia Loren | | 1 |
| 2003 | Chopin: Piano Concerto no.2 / Loewe: Piano Concerto no. 2 | Frederic Chopin, Carl Loewe; Mari Kodama, Russian National Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2003 | Violin Concerto in D major, Op. 35 / Piano Concerto No. 1 | Tchaikovsky; Christian Tetzlaff, Nikolai Lugansky, Russian National Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2004 | Valses nobles et sentimentales / Rapsodie espagnole / Menuet antique / La Valse / Bolero | Ravel; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2004 | Symphonie nº 3 | Bruckner; Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | 5 | 2 |
| 2005 | Symphony no. 8 | Gustav Mahler; Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 2 |
| 2005 | Varèse: Amériques; Offrenades; Hyperprism; Octandre; Arcana; Etc. | Kent Nagano | | 1 |
| 2005 | Prometheus: Orchesterlieder | Hugo Wolf; Juliane Banse, Dietrich Henschel, Rundfunkchor Berlin, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2007 | Berlioz: Nuits d’été / Ravel: Shéhérazade / Cinq mélodies populaires grecques | Berlioz, Ravel; Bernarda Fink, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2008 | Boldemann / Gefors / Hillborg | Boldemann, Gefors, Hillborg; Anne Sofie von Otter, Gothenburg Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2008 | Ideals of the French Revolution | Beethoven; Kent Nagano, Orchestre Symphonique De Montreal | | 1 |
| 2009 | Piano Concertos nos. 1 & 2 | Ludwig van Beethoven; Mari Kodama, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2009 | Symphony No. 4 | Anton Bruckner; Bayerisches Staatsorchester, Kent Nagano | | 1 |
| 2009 | Das Lied von der Erde | Mahler; Klaus Florian Vogt, Christian Gerhaher, Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2009 | L’Amour de loin | Kaija Saariaho; Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2009 | Rocaná / Violin Concerto | Unsuk Chin; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano, Viviane Hagner | | 1 |
| 2010 | Mendelssohn: Die erste Walpurgisnacht / Brahms: Nänie / Schumann: Der Königssohn | Felix Mendelssohn, Johannes Brahms, Robert Schumann, Kent Nagano, Bayerisches Staatsorchester, Simone Schröder, Burkhard Fritz, Detlef Roth, Franz-Josef Selig | | 1 |
| 2010 | Piano Concertos nos. 4 and 5 | Ludwig van Beethoven; Till Fellner, Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2010 | The Rake's Progress | Igor Stravinsky; Kent Nagano; Orchestre de l’Opéra de Lyon | 5 | 1 |
| 2011 | L’Amour des Trois Oranges | Prokofiev; Catherine Dubosc, Gabriel Bacquier, Jean-Luc Viala, Orchestre et Chœur de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 2 |
| 2011 | In the Breath of Time: Symphonies Nos. 6 & 8; Grosse Fuge | Ludwig van Beethoven; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2012 | Rachmaninov: Concerto nº 4 (1926) / Scriabine: Prométhée | Sergueï Rachmaninov, Alexander Scriabine; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano, Alain Lefèvre | | 2 |
| 2012 | Schumann: Konzertstück für 4 Hörner / Wagner: Siegfried-Idyll / Strauss: Metamorphosen | Robert Schumann, Richard Wagner, Richard Strauss; Bayerisches Staatsorchester & Kent Nagano | | 1 |
| 2012 | Bruckner: Symphony no. 6 | Anton Bruckner; Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin; Kent Nagano | 5 | 1 |
| 2013 | Orchesterlieder | Mahler; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano, Christian Gerhaher | 5 | 2 |
| 2013 | Piano Concertos | Grieg, Prokofiev; Nikolai Lugansky, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2013 | Doktor Faust | Busoni; Kent Nagano | 5 | 1 |
| 2014 | Symphonies nos. 1 and 7, "Departure - Utopia" | Beethoven; Orchestre Symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2014 | Shoka: Japanese Children Songs | Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano, Diana Damrau & Chœur des enfants de Montréal | | 2 |
| 2014 | Triple Concerto / Piano Concerto no. 3 | Beethoven; Mari Kodama, Kolja Blacher, Johannes Moser, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2015 | Concertos Français pour trompette | Tomasi, Désenclos, Jolivet; Paul Merkelo, Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2015 | Persephone | Kent Nagano | | 1 |
| 2015 | Symphonie et créations pour orgue et orchestre | Camille Saint‐Saëns, Samy Moussa, Kaija Saariaho; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 2 |
| 2016 | Danse macabre | Saint‐Saëns, Mussorgsky, Dukas, Dvořák, Balakirev, Ives; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 3 |
| 2017 | Milhaud: Concerto no. 1 / Honegger: Concerto / Hoddinott: Noctis equi | Darius Milhaud, Arthur Honegger, Alun Hoddinott; Mstislav Rostropovitch, London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2018 | Ein Heldenleben / Tod und Verklärung | Richard Strauss; Kent Nagano, Göteborgs Symfoniker | | 1 |
| 2018 | A Quiet Place | Leonard Bernstein; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 2 |
| 2019 | The John Adams Album | John Adams; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 2 |
| 2020 | Works for Violin and Orchestra | Ginastera, Bernstein, Moussa; Andrew Wan, Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2021 | Poèmes pour mi / Chronochrome / La Transfiguration de Notre Seigneur Jésus-Christ | Messiaen; Jenny Daviet, Pierre‐Laurent Aimard, Chor des Bayerischen Rundfunks, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Kent Nagano | | 1 |
| — | Coppélia | Léo Delibes; Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
