| 1993 | Hochzeitskantaten · Cantates de mariage | Johann Sebastian Bach; Christine Schäfer, Musica Antiqua Köln, Reinhard Goebel | | 2 |
| 1994 | Messe h-Moll, BWV 232 | Johann Sebastian Bach; Christine Schäfer, Ingeborg Danz, Markus Schäfer, Thomas Quasthoff, Windsbacher Knabenchor, Deutsche Kammerakademie Neuss, Karl-Friedrich Beringer | | 2 |
| 1995 | The Hyperion Schubert Edition, Volume 24: A Goethe Schubertiad | Franz Schubert; Christine Schäfer, John Mark Ainsley, Simon Keenlyside, Michael George, Graham Johnson | | 1 |
| 1996 | Der Freischütz | Weber; Nikolaus Harnoncourt, Orgonasova, Schäfer, Wottrich, Salminen, Cachemaille, Holzmair, Moll, Rundfunkchor Berlin, Berliner Philharmoniker | | 1 |
| 1996 | The Hyperion Schubert Edition, Volume 26: An 1826 Schubertiad | Franz Schubert; Christine Schäfer, John Mark Ainsley, Richard Jackson, The London Schubert Chorale, Stephen Layton, Graham Johnson | | 1 |
| 1997 | Lieder | Franz Schubert; Christine Schäfer, Irwin Gage | | 1 |
| 1998 | Mozart: Arias / Strauss: Orchestral Songs | Mozart, Strauss; Christine Schäfer, Berliner Philharmoniker, Claudio Abbado | | 2 |
| 1998 | Pierrot lunaire / Herzgewächse / Ode to Napoleon | Schoenberg; Christine Schäfer, Pierre Boulez, David Pittman-Jennings, Ensemble InterContemporain | 5 | 2 |
| 1998 | Missae breves K. 49, 65, 194 & 220 “Spatzenmesse” | Mozart; Blasi, Schäfer, Danz, Von Magnus, Azesberger, Heilmann, Selig, Widmer, Arnold Schoenberg Chor, Concentus Musicus Wien, Harnoncourt | | 1 |
| 2000 | Matthäus-Passion BWV 244 | Johann Sebastian Bach; Christoph Prégardien, Matthias Goerne, Christine Schäfer, Dorothea Röschmann, Bernarda Fink, Elisabeth von Magnus, Michael Schade, Markus Schäfer, Dietrich Henschel, Oliver Widmer, Arnold Schönberg Chor, Wiener Sängerknaben, Concentus Musicus Wien, Nikolaus Harnoncourt | | 3 |
| 2000 | Mélodies | Claude Debussy, Ernest Chausson; Christine Schäfer, Irwin Gage | | 2 |
| 2002 | Pli selon Pli | Pierre Boulez; Christine Schäfer, Ensemble InterContemporain, Pierre Boulez | 5 | 2 |
| 2003 | Winterreise | Franz Schubert; Christine Schäfer, Eric Schneider | | 1 |
| 2004 | Requiem | Wolfgang Amadeus Mozart; Christine Schäfer, Bernarda Fink, Kurt Streit, Gerald Finley, Concentus Musicus Wien, Arnold Schönberg Chor, Nikolaus Harnoncourt | | 2 |
| 2006 | Lyrische Symphonie, op. 18 | Alexander Zemlinsky; Matthias Goerne, Christine Schäfer, Orchestre de Paris, Christoph Eschenbach | | 2 |
| 2007 | Festliches Adventskonzert aus der Dresdner Frauenkirche | Christine Schäfer, Simon Keenlyside, Chor der Staatsoper Dresden, Staatskapelle Dresden, Peter Schreier | | 1 |
| 2007 | Weihnachtsoratorium BWV 248 | Johann Sebastian Bach; Christine Schäfer, Bernarda Fink, Werner Güra, Gerald Finley, Christian Gerhaher, Arnold Schoenberg Chor, Concentus Musicus Wien, Nikolaus Harnoncourt | | 2 |
| 2007 | Apparition | Henry Purcell, George Crumb; Christine Schäfer, Eric Schneider | | 1 |
| 2008 | Schönberg: Streichquartett Nr. 2 / Webern: Langsamer Satz / Berg: Die geheime Gesangstimme | Schönberg, Webern, Berg; Christine Schäfer, Petersen Quartett | | 1 |
| 2009 | Ein deutsches Requiem | Johannes Brahms; Christine Schäfer, Michael Volle, Boston Symphony Orchestra , James Levine, Tanglewood Festival Chorus | | 1 |
| 2009 | Violin and Voice | Bach; Hilary Hahn, Matthias Goerne, Christine Schäfer | 5 | 3 |
| 2010 | Symphonie no. 1 / Rückert-Lieder | Gustav Mahler; Christine Schäfer, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Christoph Eschenbach | | 1 |
| 2011 | The Songs of Johannes Brahms ~ 2 | Johannes Brahms; Christine Schäfer, Graham Johnson | | 1 |
| 2011 | Arias | Christine Schäfer | | 1 |
| — | Christine Schäfer, Soprano | Christine Schäfer | | 1 |
